5. Universitas Sanata Dharma
Perguruan tinggi swasta terbaik di Yogyakarta selanjutnya adalah Universitas Sanata Dharma. Univeristas ini sudah didirikan pada tanggal 20 Oktober 1955 yang merupakan perguruan tinggi Katolik.
Alamatnya berada di Jl. Affandi, Mrican, Caturtunggal Kab. Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta.
Peringkat nasional: 60
Peringkat Asia Tenggara: 172
Peringkat dunia: 4108
6. Universitas Alma Ata Bantul
Universitas ini didirikan oleh Yayasan Alma Ata pada 29 Juni 2006 dalam bentuk STIKES Alma Ata dan STIA Alma Ata dan resmi bergabung menjadi Universitas Alma Atma pada 21 Desember tahun 2015.
Universitas ini beralamat di Jl. Brawijaya No. 99, Jadan, Tamantirto, Kec. Kasihan, Kabupaten Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta.
Peringkat nasional: 71
Perangkat Asia Tenggara: 169
Peringkat dunia: 4692
7. Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa
Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa ini sudah berdiri sejak tahun 1955 di Yogyakarta. Alamat lengkapnya di Jl. Batikan, UH-III Jl. Tuntungan No.1043, Tahunan, Kec. Umbulharjo, Kota Yogyakarta, Daerah Istimewa Yogyakarta.
Peringkat nasional: 90
Peringkat Asia Tenggara: 238