Dia kemudian divonis hukuman mati pada Oktober 2010 oleh Majelis Hakim Pengadilan Negeri Sleman, Yogyakarta, menggunakan Pasal 114 ayat 2 UU no 35 Tahun 2009 tentang narkotika.
Setelah vonis dijatuhkan, berbagai upaya hukum dilakukan, mulai dari banding, kasasi, dan grasi. Namun, semua itu ditolak pengadilan Indonesia.
Bahkan, pada 25 Maret 2015, Mahkamah Agung memutuskan menolak peninjauan kembali (PK) yang diajukan kuasa hukum Mary Jane.